بعد أن انسحب الفرنسيون من مصر، في عام 1801 -قام الوالي العثماني الجديد محمد باشا خسرو، بإقالة خليل البكري من نقابة الأشراف وسجادة البكرية.

وخليل البكري، كان من أسرة كبيرة ومشهورة في مصر منذ القرن الخامس عشر، وكان يشغل منصب شيخ السجادة البكرية منذ نهاية 1793 م، وعقب الاحتلال الفرنسي للقاهرة في عام 1798 م، نجد أن عمر مكرم -الذي كان يشغل منصب نقيب الأشراف في ذلك الوقت- بادر بمغادرة البلاد؛ فقام الفرنسيون بتعيين خليل في هذا المنصب، الذي كان يشغله من قبل أعضاء من الأسرة البكرية؛ بل وعينه الفرنسيون عضوًا في «ديوان» القاهرة، الذي أنشأه الفرنسيون، محاولة من الاحتلال الفرنسي لاسترضاء الأهالى من خلال هذا الديوان الذى جمعوا فيه بعض العلماء والشيوخ والأعيان لتسيير أمور البلاد.

ويذكر الجبرتي تعقيبًا على هذا الحدث أن الإجراء الذي اتخذه محمد خسرو، كان نتيجة لضغوط الرأي العام؛ الذى اتهم خليل البكري بأنه كان متعاونا مع الاحتلال الفرنسى، وبذلك فهو غير جدير بتقلد المناصب التي يشغلها، ورضخ الباشا لهذا الضغوط، ويبدو أنه كان سريع التأثر بهذه الضغوط أثناء قيامه بإعادة تشييد الحكم العثماني في مصر، وكان نقيب الأشراف السابق عمر مكرم قد عاد إلى مصر، فأعيد تعيينه في هذا المنصب.

المرجع : فريد عبد الرحمن دي يونج، تاريخ الطرق الصوفية في مصر في القرن التاسع عشر، ترجمة: عبد الحميد فهمي الجمال، القاهرة: الهيئة المصرية العامة للكتاب،  1995م، ص 9-10 بتصرف.